Od 1 stycznia 2016 r. ulegną zmianie przepisy dotyczące określenia właściwości miejscowej naczelnika urzędu skarbowego w zakresie podatku od towarów i usług. 

Kluczowi podatnicy, czyli firmy o przychodach przekraczających 50 milionów euro, od 1 stycznia 2016 roku będą obsługiwani w jednym miejscu. Krajowy Wyspecjalizowany Urząd Skarbowy w Warszawie ma usprawnić rozliczenia podatkowe najbardziej dochodowych polskich przedsiębiorstw.

Do tej pory firmy rozliczały podatki w 20 wyspecjalizowanych placówkach znajdujących się we wszystkich miastach wojewódzkich. W myśl nowych ustaleń, zapowiedzianych w marcu przez Ministerstwo Finansów wraz z początkiem następnego roku funkcjonować będzie 19 Wyspecjalizowanych Urzędów Skarbowych oraz jeden „superurząd”, czyli właśnie KWUS z siedzibą w Warszawie. Według szacunków ministerstwa, „pod jego opiekę” trafi około 3 800 tysięcy podatników z całego kraju.

Ministerstwo deklaruje, że zmiany mają na celu poprawienie relacji miedzy administracją podatkową, a największymi firmami. Każde przedsiębiorstwo w tej grupie będzie miało tzw. Opiekuna, który będzie monitorował działania podatkowe firmy i w razie potrzeby na bieżąco rozwiązywał trudniejsze kwestie.

Dla osób fizycznych (bez względu na to, czy prowadzą działalność gospodarczą czy nie) urzędem właściwym będzie urząd właściwy według adresu miejsca zamieszkania, a dla osób prawnych (np. spółki), według adresu siedziby.

Nadal obowiązywać będzie art. 3 ust. 3 pkt 2 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług, które stanowią, że w przypadku podatników nieposiadających siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju - właściwym organem podatkowym jest Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście, zwany dalej "naczelnikiem drugiego urzędu skarbowego"; natomiast w przypadku podatników o których mowa w art. 130a pkt 2, i podmiotów zagranicznych, o których mowa w art. 131 pkt 2, zidentyfikowanych na potrzeby procedury szczególnej rozliczania VAT, o której mowa w dziale XII w rozdziałach 6a i 7, dla których państwem członkowskim konsumpcji jest Rzeczpospolita Polska - właściwym organem podatkowym jest Naczelnik Łódzkiego Urzędu Skarbowego.

Ponadto zgodnie z przepisem przejściowym – art. 27 ww. ustawy nowelizującej, postępowania podatkowe, kontrole podatkowe, czynności sprawdzające oraz inne sprawy podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług, rozpoczęte i niezakończone do dnia 1 stycznia 2016 r., będą podlegały załatwieniu przez naczelników urzędów skarbowych właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących do końca 2015 r.

Również zwroty podatku od towarów i usług niedokonane przed dniem 1 stycznia 2016 r., pozostają we właściwości naczelników urzędów skarbowych właściwych w zakresie podatku od towarów i usług na podstawie przepisów obowiązujących do końca 2015 r.